A proteomikai vizsgálatok az állattenyésztésben és növénytermesztésben, valamint az élelmiszeriparban is több területen alkalmazhatók.
Segítségével az élelmiszer-minőség és -biztonság is monitorozható. A tejjel és tejtermékekkel kapcsolatos hamisítások komoly problémát jelentenek az élelmiszeriparban. A proteomikai módszerek alkalmasak például egy sajt esetében az ahhoz felhasznált tej forrásának fajok szerinti azonosítására.
A proteomikai vizsgálatok gyakorlati célú felhasználása egyre terjed. Elsősorban a humán gyógyászatban használják, de az állattenyésztésben és növénytermesztésben is növekvő igény mutatkozik az ilyen jellegű vizsgálatokra.
Az élelmiszeriparban is több területen alkalmazzák vizsgálati módszereit, melynek segítségével az élelmiszer-minőség és -biztonság is monitorozható. Csősz Évától tudjuk, hogy mind több olyan proteomikai tanulmány jelenik meg, melyek azt vizsgálják, hogy milyen hatással van az élelmiszer a fogyasztók egészségére és életfolyamataira, illetve hogy a feldolgozási folyamatok során hogyan változik az élelmiszerek fehérje-összetétele és ezzel összefüggésben annak bizonyos fizikai, kémiai és egyéb tulajdonságai.
„A tejjel és a tejtermékekkel kapcsolatos hamisítások komoly problémát jelentenek az élelmiszeriparban” – említ egy érdekes felhasználási területet Csősz Éva debreceni kutató. Ennek hátterében az áll, hogy a magas minőséget és pénzben kifejezett értéket képviselő termékekhez olcsó alapanyagokat kevernek. Ilyen hamisítás lehet, amikor bivalytejhez, kecsketejhez, illetve juhtejhez tehéntejet kevernek, és az ebből készült sajtot úgy értékesítik, hogy a tehéntej jelenlétét nem tüntetik fel. Ezeket a keverékeket nehéz beazonosítani. Manapság jellemzően a DNS-alapú eredetvizsgálat, a fajazonosítás az elterjedt, ennek ellenére a proteomikai módszerek (elsősorban tömegspektrometria-alapúak) is alkalmasak a tejből és tejtermékekből a felhasznált fajok azonosítására. Bizonyos fehérjék markerként szolgálnak, ezek a markerek jellemzőek egy adott fajra, jelenlétük tehát bizonyíthatja, hogy a fajból származó fehérje benne van a vizsgált termékben.